Die Muschelnudeln nach Packungsanweisung in reichlich kochendem Salzwasser al dente kochen und abtropfen lassen. Den Backofen auf 220 °C vorheizen. Eine Auflaufform für 2 Portionen mit etwas Öl einpinseln.
Die Aubergine gut waschen und die Enden abschneiden. Aubergine in ca. 0,5 cm kleine Würfel schneiden. Das Olivenöl in einer kleinen Pfanne mit Deckel auf mittlere Temperatur erhitzen, die Auberginenwürfel dazugeben und kurz anbraten.
Knoblauch und Zwiebel schälen, fein hacken und jetzt erst zu den Auberginenwürfeln geben. Temperatur etwas zurückschalten und die Aubergine langsam bei aufgelegtem Deckel garen, bis die Würfel gar und weich sind. Zwischendurch immer wieder mal durchrühren. Insgesamt dauert es etwa 15 bis 20 Minuten. Die Tomaten angießen und aufkochen. Große Stücke mit einem Holzlöffel etwas zerpflücken. Mit Salz, Pfeffer, den Kräutern und dem Essig würzen und 2 Minuten köcheln lassen.
Die vorgegarten Nudeln in die Form setzen, mit einer Hand aufhalten und mit Hilfe eines Esslöffels die Tomatensauce in die Nudeln füllen. Übrige Sauce rund um die Nudeln verteilen. Kleine Kleckse vom Schmand auf die Muschelnudeln verteilen, nach Geschmack ein paar Basilikumblätter darauf legen. Den Käse reiben oder in feine Scheiben schneiden und über die Nudeln geben. Im vorgeheizten Ofen auf der mittleren Schiene etwa 20 Minuten überbacken, bis der Käse geschmolzen ist.